本科室担负着柯桥区儿童日常疾病的诊断预防工作，设有儿科门诊、儿科急诊、儿科病房，24小时接待患儿就诊。另外还开设儿童保健门诊、儿童哮喘门诊、儿童矮小性早熟门诊。

科室采用全托式管理模式,配备全程实时中央网络监护系统,拥有德国进口新生儿呼吸机、暖箱和蓝光箱等设备，在救治新生儿重度窒息、早产儿、极低体重儿、新生儿ABO溶血病等疾病方面有丰富的临床经验，主要承担柯桥区范围及市区周边城镇新生儿的危重症急救、专科诊治和高危新生儿随访等工作。

妇科是绍兴市柯桥区妇幼保健院重点科室之一，开设有普通妇科、妇科肿瘤、妇科内分泌妇科、子宫内膜异位症、不孕不育、妇科内镜（腹腔镜、宫腔镜、阴道镜）及妇科微创技术、盆底修复治疗、计划生育等专业。

柯桥区妇幼保院产科技术实力雄厚，拥有医生12人，其中高级职称5人。科室设置：设有高危孕妇保健、专家孕妇保健、优生咨询门诊、孕前咨询、围产期保健、产前监护、营养咨询、孕妇学校、助产门诊、产后康复等门诊。